پدر سید علی خامنه‌ای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و نیایش اهل تفرش که به آذربایجان هجرت کرده‌بود.[۹][۱۰] مادرش خدیجه میردامادی[۱۱] که متولد سال ۱۲۹۱ بود در سال ۱۳۶۸، تنها دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. وی دربارهٔ مادرش چنین گفته‌است: «مادرم خانمی بود بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظشناس –البته نه به معنای علمی، بلکه به معنای مأنوس بودن با دیوان حافظ–، با قرآن کاملاً آشنا بود».[۱۲] او دختر آیت‌الله هاشم میردامادی بود که اصالتاً اصفهانی و مقیم مشهد بود.
پدر بزرگ مادری رهبر ایران، زاده و بزرگ‌شدهٔ نجف و دانش‌آموختهٔ حوزهٔ علمیهٔ نجف البته از سادات میردامادی اصفهانی و مشخصاً نجف‌آبادی بود. او حدوداً در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتاب‌های اسلامی مشغول بود. او در زمان کشف حجاب در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مشهد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به سمنان تبعید شد و در مسجد جامع گوهرشاد سالیان بسیار امام جماعت بود و تفسیر قرآن می‌کرد و کتاب تفسیر قرآن خلاصةالبیان را نوشت.[۱۳] شوهرعمه‌اش شیخ محمد خیابانی بود.[۱۴]
سید علی خامنه‌ای متأهل و دارای ۶ فرزند است. همسر وی منصوره خجسته باقرزاده نام دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی ،مجتبی ، مسعود (محسن) و میثم است.[۱۵][۱۶] بشری همسر محمدجواد گلپایگانی فرزند محمدی گلپایگانی رئیس‌دفتر رهبری است.[۱۷] هدی، همسر مصباح‌الهدی باقری کنی فرزند محمدباقر باقری کنی است.[۱۸] مجتبی با دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرده‌است.[۱۹] مصطفی با دختر عزیزالله خوشوقت ازدواج کرده‌است و مسعود نیز با فرزند محسن خرازی و خواهر صادق خرازی.[۱۷] میثم داماد محمود لولاچیان از بازاریان مذهبی تهران است.[۲۰]
سید محمد برادر بزرگتر او، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بوده و در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. برادر کوچکترش سیدهادی نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹ روزنامهٔ حیات نو را منتشر کرد که بعداً به دستور دادگاه ویژهٔ روحانیت توقیف شد.[۲۱][۲۲] یکی از خواهران وی به نام بدری همسر شیخ علی تهرانی بود. علی تهرانی روحانی فعّال در دوران انقلاب بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراق پناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت. بدری در ایران درگذشت.[۲۳][۲۴] برادر کوچکتر او، سید حسن، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت[۲۵]، و عضو شورای پروانه نمایش است. (منبع ویکی پدیا)
خانواده
پدر سید علی خامنه‌ای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و نیایش اهل تفرش که به آذربایجان هجرت کرده‌بود.[۹][۱۰] مادرش خدیجه میردامادی[۱۱] که متولد سال ۱۲۹۱ بود در سال ۱۳۶۸، تنها دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. وی دربارهٔ مادرش چنین گفته‌است: «مادرم خانمی بود بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظشناس –البته نه به معنای علمی، بلکه به معنای مأنوس بودن با دیوان حافظ–، با قرآن کاملاً آشنا بود».[۱۲] او دختر آیت‌الله هاشم میردامادی بود که اصالتاً اصفهانی و مقیم مشهد بود.
پدر بزرگ مادری رهبر ایران، زاده و بزرگ‌شدهٔ نجف و دانش‌آموختهٔ حوزهٔ علمیهٔ نجف البته از سادات میردامادی اصفهانی و مشخصاً نجف‌آبادی بود. او حدوداً در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتاب‌های اسلامی مشغول بود. او در زمان کشف حجاب در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مشهد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به سمنان تبعید شد و در مسجد جامع گوهرشاد سالیان بسیار امام جماعت بود و تفسیر قرآن می‌کرد و کتاب تفسیر قرآن خلاصةالبیان را نوشت.[۱۳] شوهرعمه‌اش شیخ محمد خیابانی بود.[۱۴]
سید علی خامنه‌ای متأهل و دارای ۶ فرزند است. همسر وی منصوره خجسته باقرزاده نام دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی ،مجتبی ، مسعود (محسن) و میثم است.[۱۵][۱۶] بشری همسر محمدجواد گلپایگانی فرزند محمدی گلپایگانی رئیس‌دفتر رهبری است.[۱۷] هدی، همسر مصباح‌الهدی باقری کنی فرزند محمدباقر باقری کنی است.[۱۸] مجتبی با دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرده‌است.[۱۹] مصطفی با دختر عزیزالله خوشوقت ازدواج کرده‌است و مسعود نیز با فرزند محسن خرازی و خواهر صادق خرازی.[۱۷] میثم داماد محمود لولاچیان از بازاریان مذهبی تهران است.[۲۰]
سید محمد برادر بزرگتر او، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بوده و در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. برادر کوچکترش سیدهادی نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹ روزنامهٔ حیات نو را منتشر کرد که بعداً به دستور دادگاه ویژهٔ روحانیت توقیف شد.[۲۱][۲۲] یکی از خواهران وی به نام بدری همسر شیخ علی تهرانی بود. علی تهرانی روحانی فعّال در دوران انقلاب بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراق پناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت. بدری در ایران درگذشت.[۲۳][۲۴] برادر کوچکتر او، سید حسن، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت[۲۵]، و عضو شورای پروانه نمایش است. (منبع ویکی پدیا)